Подразделение было сформировано в 1995 г., как научная группа на базе лаборатории вторичных продуцентов, возглавляемой д.б.н. В.И. Попченко. В 2001 г. группа была преобразована в лабораторию экологии малых рек.

Основные направления исследований:

• Исследования бентофауны равнинных рек бассейна Средней и Нижней Волги;

• Эколого-фаунистические исследования ценоза хирономид малых рек как объекта биоиндикации;

• Изучение разнообразия и структурно функциональной организации сообществ макрозообентоса речных систем, их природной и антропогенной динамики;

• Разработка методических подходов, критериев и принципов прогнозирования экологического состояния водотоков; классификация лотических систем на основе их комплексного анализа;

• Разработка методологических основ экологического мониторинга;

• Экологическая паспортизация водных объектов.

Основные результаты исследований:

Получены данные о структуре и разнообразии зообентоценозов водоемов Средней и Нижней Волги. Выявлен современный фаунистический состав (с учетом видов и таксонов надвидового ранга) макрозообентоса: Куйбышевское водо-хранилище (168), озера урбанизированных территорий (200), водотоки Волго-Ахтубинской поймы (177), средние и малые реки бассейна Верхней и Нижней Волги (451). В реках число видов и таксонов надвидового ранга представлены: двукрылыми (Diptera) – 218; моллюски (Mollusca) – 55; ручейники (Trichoptera) – 30; поденки (Ephemeroptera) – 25; малощетинковые черви (Oligochaeta) – 21, клопы (Hemiptera) – 18; жуки (Coleoptera) – 17; ракообразные (Crustacea) – 14; пиявки (Hirudinea) – 12; стрекозы (Odonata) – 12; веснянки (Plecoptera) – 7; вислокрылки (Megaloptera) – 2; многощетинковые черви (Polychaeta) – 2 видами. Отмечено 54 инвазионных вида (с учетом чужеродных видов Куйбышевского водохранилища) с доминирующим комплексом ракообразных. Впервые установлена натурализация каспийской полихеты Manayunkia caspica Annenkova,1929, (1991, 2005 гг.) в Куйбышевском водохранилище. Выявлен новый для науки вид хирономид Tanytarsus kharaensis Zinchenko et Zorina, sp.n., описанный для солоноватой (14‰) реки Приэльтонья (р. Хара, Волгоградская обл.). Обобщены материалы многолетних оригинальных исследований по экологии и распространению хирономид (Diptera: Chironomidae) в водотоках и водоемах Волжского бассейна. Впервые предложен аутэкологический спектр ("экологические шкалы") 219 видов хирономид и составлены карты их распространения как информационная и теоретическая основа для формирования экологических прогнозов и методологи-ческих подходов оценки состояния водоемов. Выявлена индикаторная роль ценоза хирономид в оценке экологического состояния водотоков и водоемов Волжско-го бассейна и типологической классификации малых рек. Выявлены новые виды в составе хирономидофауны для рек России и Волжского бассейна. Предложен ме-тод для экспресс оценки состояния рек по сборам экзувиев куколок хирономид, в соответствии с их индивидуальной толерантностью к скорости течения.

Исследована структурно-функциональная организация сообществ макрозообентоса равнинных рек в условиях разнотипного антропогенного воздействия (токсификация, эвтрофирование, комбинированное воздействие). Выявлены закономерности распределения биоты рек, определяемые количественным соотношением функциональных по трофической структуре групп беспозвоночных вдоль речного континуума. Разработана информационная система для ведения оперативной выборки гидробиологических, гидрохимических и гидрологических данных, необходимых для комплексного анализа структурных деформаций, проходящих в экосистемах водоемов под влиянием антропогенных воздействий и оценки роли гидробионтов в функционировании донных сообществ (на примере более 60 малых и средних рек Волжского бассейна). Разработан обобщенный индекс экологического состояния водных объектов и предложены методические принципы конструирования интегрального индекса экологического состояния водотоков (ИИЭС) на основе гидрохимических и гидробиологических исследований малых рек бассейна Средней и Нижней Волги, что позволило ранжировать критические уровни антропогенных нагрузок на водные экосистемы.

Предложена техника прогноза качества вод на основе индикаторных валентностей видов макрозообентоса для лотических систем с использованием методов многомерной статистики и теории распознавания образов. Выполнена классификация малых рек с использованием гидробиологических и гидрохимических факторов. Показаны основные процедуры построения математических моделей для оценки пространственно-временной динамики донных биоценозов в условиях антропогенного воздействия. Впервые дана интегральная оценка многолетних исследований взвешенного вещества как одного из главных компонентов водной экосистемы в круговороте вещества и энергии. Установлены качественные и количественные характеристики сестона с точки зрения его основополагающей роли в формировании донных отложений; выявлены закономерности распределения, седиментации и преобразования взвешенного вещества на ранних стадиях диагенеза в системе «вода- взвесь- донные отложения». Разработана схема проведения мониторинга поверхностных вод, включающая научно-обоснованную последовательность этапов комплексных исследований разнотипных водных объектов.